O Sindhosfil/SP foi estruturado em algumas comissões para que cada uma delas pudesse aprofundar seus trabalhos em áreas específicas, consideradas importantes para o setor de Recursos Humanos.

A Comissão de Negociações Coletivas tem como objetivo estreitar o relacionamento com os sindicatos profissionais e participa efetivamente da maioria nas negociações. Já a Comissão de Recursos Humanos é responsável pelo aprimoramento e monitoramento de temas importantes na gestão de pessoas.

Há também a Comissão de Saúde e Segurança do Trabalho voltada para questões dos SESMTS e a Comissão de Assuntos Jurídicos e Políticos, que atua na prevenção judicial dos filiados ao Sindicato. Para o debate da Lei de Cotas, foi criada a Comissão de Estudo Científico de Inclusão de PCD, tema de extrema importância para o segmento. Já na Comissão Tripartite Permanente Regional de São Paulo da NR-32 CTPR/SP não pertence ao SINDHOSFIL/SP, mas o presidente do sindicato é o representante das entidades filantrópicas do estado. Esta surgiu para debater a norma especifica na área de saúde.

O SINDHOSFIL/SP desde 2015 articula a criaçãode uma comissão na OAB/SP e, juntamente com a CMB e FEHOSP, foi instituída em São Paulo a primeira Comissão Especial de Defesa das Santas Casas e Hospitais – OAB e tem a missão de defender as Santas Casas e hospitais filantrópicos por meio de parcerias com a entidade de advocacia.